تبتغي مؤسسة الشيخ عمي سعيد من خلال نظامها التربوي تحقيق الغاية الكبرى من الوجود في الحياة، وهي إرضاء الله تعالى، وترى أنه مما يخدم ذلك في مجال تخصصها الوصول إلى الغايات التربوية التالية:
1. تحقيق العبودية الخالصة لله تعالى بمعناها الشامل، والارتياح إلى ذلك، والاقتناع بمنزلة ابن آدم عند ربه وتكريمه له.
2. التشبع بالعقيدة الإسلامية الصحيحة وإدراك أنها عين عقيدة الفطرة.
3. الإيمان باستقلالية الأمة الإسلامية في ذاتها وتميزها في هُويتها وعدم تبعيتها لأي من الأمم والإيديولوجيات الأخرى.
4. استيعاب المعرفة الإسلامية على أنها ثابتة في أصولها، قادرة على احتواء مستجدات العصر ومواكبتها.
5. إدراك العلاقة الوثيقة بين العلم والإيمان وأثرها في رقي الأمة الإسلامية وازدهارها.
6. استيعاب الأصول الفكرية للمدرسة الإباضية، والاسترشاد بتراثها العلمي والحضاري.
7. تعميم الثقافة الشرعية، وتمكين الوعي الديني والخلقي في الأوساط.
8. تنمية الروح الوطنية، وترسيخ روح المسؤولية والحس المدني.
9. حفظ المميزات الحضارية والنظم الاجتماعية للمجتمع الإباضي بالمغرب العربي وتطويرها، مع إبرازها للغير كنموذج حيّ للمجتمع المسلم.
10. ترسيخ مبدأ الوحدة بين المسلمين، وبث روح التسامح بينهم، وترشيد منهج الاختلاف بتحري الحق والثبات على الأصول والمرونة والتسامح في الفروع.
11. إعداد الفرد ليكون قادرا على التعارف مع الآخرين والتعاون معهم على أساس من البر والتقوى، بما يحقق التعايش الإسلامي المطلوب.
12. إعداد الفرد لأداء واجباته نحو نفسه وأسرته ومجتمعه، وإنشاؤه على الحس الاجتماعي والعمل الخيري، ليكون عنصرا إيجابيا يتفاعل مع قضايا أمته، ويشاركها في آمالها وآلامها.
13. تكوين مجتمع قرآني يتفاعل فيه الفرد مع القرآن الكريم، تلاوة وحفظا وتدبرا وتطبيقا.
14. التوجيه إلى التدبر في ملكوت الله عز وجل، الذي سخره لنفع الإنسان، وهو مجال للدراسة والاستدلال والتفكير والاهتداء.
15. الاهتمام باللغة العربية والتمكُّن من علومها، والارتقاء باللغات الأخرى وسائر العلوم والمعارف.
16. تربية العقل على حسن التفكير والاستنباط، وترويضه على فهم معاني النصوص الشرعية، وإدراك مقاصد الشريعة الإسلامية.
17. ترقية وجدان الفرد، وتوعيته بفضل المعاني السامية والمثل العليا، المقتبسة من النصوص الشرعية ومن سيرة الرسول e وسيرة السلف الصالح من الصحابة والأئمة.
18. تنمية القدرة على الجمع بين العلم والعمل، وبين سلامة القلب والوجدان ومهارة العقل واليدين.
19. تكوين كفاءات في العلوم الإسلامية وتمكينها في أصول الشريعة ومقاصدها، لتكون منارات هداية وترشيد.
20. الاهتمام بالعنصر النسوي ضمن الغايات السابقة، بالإضافة إلى العمل على إعداد الأنثى لأن تكون بنتا بارة فزوجة صالحة وأما مربية.
21. توعية كافة الشرائح الاجتماعية للالتفاف حول المنظومة التربوية الحرة ودعمها أداء لواجب تربية النشء، ومحافظة على التوازن الحضاري بين المادة والروح في المجتمع.
إن الغايات التربوية الكبرى للمنظومة التربوية الوطنية لا تختلف في روحها عن هذه الغايات، بل تعتبر منطلقا وأساسا لها.