بعد استكمال صرح معهد عمي سعيد الثانوي كان التفكير والتحضير لمرحلة جامعية، وبعون الله وتوفيقه كان افتتاح قسم التخصص في العلوم الإسلامية يوم الأربعاء 22 ربيع الأول 1409هـ/ 02 نوفمبر 1988م.

وفي الآونة الأخيرة، ومع الخطة التطويرية للمؤسسة، تم توسيع هيكلة القسم وتغيير اسمه إلى: قسم التكوين المتخصص، ليحتضن مجموعة من المشاريع التكوينية بالمؤسسة، ذات حاجات متقاربة وأهداف متكاملة، ويسهر على حسن تسييرها وترقيتها؛ وتتمثل هذه المشاريع في:

1. قسم التخصص في العلوم الإسلامية-بنين:

• مرحلة الليسانس في العلوم الإسلامية.
• مرحلة الماجستير في العلوم الإسلامية بالتعاون مع مؤسسات جامعية دولية.

2. كلية المنار للدراسات الإنسانية -مركز غرداية- بالشراكة مع قسم التخصص في العلوم الإسلامية-بنات للمؤسسة.
3. أقسام الدراسة الشرعية للكبار: قسم التكوين المتواصل، وقسم الدبلوم في العلوم الشرعية.
4. داخلية الطلبة الوافدين.