تعتبر المكتبة من المرافق الضرورية لكل مؤسسة تربوية، وقد كونت إدارة مؤسسة الشيخ عمي سعيد نواةً لمكتبة مدرسية في السنوات الأولى من انطلاق مدرستها، وقد جعلت من أهدافها:

+ تقريب الكتاب من الناشئة وتنمية موهبة المطالعة والبحث لديها.
+ نشر ثقافة القراءة في الأوساط الاجتماعية عامة، وفي الأوساط الطلابية خاصة.
+ توفير المنشورات والدراسات الإباضية في مختلف الفنون وتقريبها من الباحثين.
+ توجيه الطلبة وإرشاد الباحثين وخدمتهم.

وما لبثت أن توسعت المكتبة بعد ذلك وتطورت، وأُثريت بمختلف المصادر والمراجع خاصة في مجال العلوم الشرعية، وهي تحتوي على أكثر من 9500 كتاب مطبوع، و2000 كتاب مخطوط. فصارت مكتبة جامعية لطلبة قسم التخصص في العلوم الإسلامية بالمؤسسة.

استشعارا من إدارة المؤسسة بالمسؤولية التاريخية وجهت قسطاً وافرا ًمن جهودها في سبيل خدمة تراث السلف جمعا وحفظا ودراسة وتحقيقاً ونشراً. والرسالة التي تريد تبليغها من وراء المشاريع التي تشرف على إنجازها هي: ضرورة الوعي بالدور الفعال للتراث في حياة الأمم، وبالرسالة الحضارية التي ينبغي للأجيال أن يستفيدوها منه، وهذا يتجاوز الإعجاب بالتراث وتقديسه، والاعتزاز به في المتاحف والخزائن دون التأثر به وأخذ العبرة منه. ولذلك كانت كل الأعمال التي أنجزتها المؤسسة في مجال التراث تحمل شعار: "رسالة التراث".

ومن المشاريع التي تقوم المؤسسة بإنجازها في هذا المجال:

+ تحقيق كتابي "قواعد الإسلام" و"قناطر الخيرات" للشيخ إسماعيل الجيطالي [ت750هـ].
+ إصدار فهارس وصفية لمخطوطات خزائن المؤسسة وغيرها، وفق المقاييس العلمية المعتمدة.
+ تحقيق جوابات قطب الأئمة الشيخ امحمد بن يوسف أطفيش.

ولها مشاريع أخرى قيد الإنجاز وأخرى في الأفق.